Lo scopo delle Oasi Lipu è quello di contribuire in maniera significativa alla tutela, al miglioramento della gestione e alla promozione delle IBA (Important Bird Areas) e dei siti Rete Natura 2000.
La Riserva naturale del Chiarone è una piccola parte della ZSC (Zona Speciale di Conservazione)) e ZPS (Zona di Protezione Speciale) “Lago e Palude di Massaciuccoli”, costituendone soltanto il 2,5%, ma è una importante “vetrina” essendo l’unica parte liberamente visitabile a piedi. Vista la scala di intervento, le strategie di gestione della Riserva non hanno la pretesa di ottenere risultati importanti dal punto di vista della conservazione dell’intero comprensorio, ma possono averne dal punto di vista della promozione del sito e costituire un modello di gestione da esportare al resto della ZSC.
Gli interventi di gestione ambientale all’interno della Riserva sono finalizzati al mantenimento di un’adeguato livello di eterogeneità ambientale (presenza di canneti e falascheti, chiari, prati umidi, ontanete, bosco umido), alla conservazione di particolari biocenosi (la torbiera a sfagno e felce florida) o di specie particolarmente rare, inoltre sono funzionali anche alle esigenze di fruizione da parte dei visitatori.
Per questo vengono annualmente svolti interventi di taglio e rimozione della vegetazione palustre che hanno lo scopo di impedire l’accumulo di un’eccessiva quantità di materiale organico al suolo, di rendere il canneto più fruibile per gli animali e di portare un incremento nella diversità della componente vegetale. Vengono poi effettuate azioni di manutenzione dei chiari e dei prati umidi esistenti, habitat importanti per la sosta, l’alimentazione e la nidificazione di molte specie di uccelli, oltre che per la riproduzione di pesci e anfibi.
Ai margini della palude si ritrova inoltre un piccolo lembo di bosco umido di pianura, ultimo elemento di transizione naturale tra la palude e la campagna coltivata circostante.

Gli interventi a carico del bosco, accessibile ai visitatori tramite un sentiero che si rinviene al termine del percorso a palafitta, consistono principalmente in sfalci periodici dei rovi invasivi e delle altre piante ai margini del sentiero, in modo da permetterne la fruizione da parte dei visitatori, e nell’incremento della diversità vegetale mediante l’impianto di specie arbustive e arboree tipiche della composizione naturale del bosco umido planiziale.
Parallelamente alle azioni di gestione, si svolgono annualmente attività di monitoraggio sulla fauna, sulla flora e sui principali parametri ambientali, importanti per aumentare il livello di conoscenza, per verificare i risultati degli interventi e di conseguenza per indirizzarli.
In particolare si effettuano, nel mese di Gennaio, censimenti dell’avifauna svernante su tutto il bacino lacustre e palustre, nell’ambito del progetto IWC (International Waterbird Census) coordinato dal COT (Centro Ornitologico Toscano); nel periodo primaverile si procede al mappaggio completo dell’avifauna nidificante nella Riserva, e nel periodo estivo al monitoraggio floristico vegetazionale della torbiera a sfagno.

Tutte le attività di gestione, conservazione e monitoraggio vengono portate avanti dallo staff e dai volontari Lipu, e sono oggetto di studi, di tirocini e tesi di laurea da parte di studenti, tesisti e ricercatori afferenti a diverse Università italiane.